# apt-get update
...
Des:3 http://security.debian.org stable/updates/main Packages [364kB]
99% [3 Packages gzip 0] [Esperando las cabeceras]
gzip: stdin: not in gzip format
Err http://security.debian.org stable/updates/main Packages
El subproceso gzip devolvió un código de error (1)
Obj http://debian.hostalia.net stable/main Packages
Descargados 388B en 0s (836B/s)
Imposible obtener http://security.debian.org/dists/stable/updates/main/binary-i386/Packages.gz El subproceso gzip devolvió un código de error (1)
Leyendo lista de paquetes... Hecho
E: Algunos archivos de índice no se han podido descargar, se han ignorado, o se ha utilizado unos antiguos en su lugar.

O su equivalente en inglés, error que llegó por mail vía cron.

gzip: stdin: not in gzip format
Failed to fetch http://security.debian.org/dists/stable/updates/main/binary-i386/Packages.gz Sub-process gzip returned an error code (1)
E: Some index files failed to download, they have been ignored, or old ones used instead.

La solución, mas sencilla de lo que parecía en un principio, pasa por editar el archivo con nuestros sources.

# vim /etc/apt/sources.list

Y cambiar stable por etch o lo que corresponda a nuestra distribución dependiendo de si usamos la rama estable, en pruebas o inestable.

Por último, actualizar de nuevo los paquetes.

# apt-get update

Si es necesario, se puede devolver a su estado original el archivo sources.list.